分子蒸餾法主要用于：
1。分子蒸餾用在兩物質主要的分子結構差異較大的區(qū)域。它必須確保其分子結構是不一樣的，或是不使用這種方法的分離。
2。分子蒸餾在分子的進場點，那么容易分類的操作，這是因為即使分子蒸餾是使分子分離，致使兩物質的分離。兩種材料間的沸點差大，那么就容易分離。
3。對于高沸點，熱氧化性能強的物質分離過程簡單，易于分離。
4。分子蒸餾是因為這個原因，僅適用于高價值物品分開，因為你不能使用分離操作一般項目。
5。分子蒸餾分離是最不合適的分離、分化鉤端螺旋體病的，這種分離是很難成功的。